31 декабря 2009 года Сергей Мохнаткин был арестован во время участия в протестной акции «Стратегия 31» на Триумфальной площади в Москве (его обвинили в избиении сотрудника 2-го оперативного полка милиции ГУВД по г. Москве сержанта милиции Дмитрия Моисеева) и был осужден на 2 года 6 месяцев заключения в колонии общего режима. Находясь в колонии, активно отстаивал свои права и права других заключённых, за что неоднократно подвергался репрессиям. Российское правозащитное сообщество признало его политическим заключённым. Является экспертом движения «За права человека».
В декабре 2012 года Московская Хельсинкская группа вручила Сергею Мохнаткину премию «За мужество, проявленное в защите прав человека».
В марте 2013 года принимал участие в серии одиночных пикетов за освобождение участниц Pussy Riot Марии Алёхиной и Надежды Толоконниковой[38].

Journal information